康熙游览灵谷寺时亲笔题书“灵谷禅林”匾额

    明代的灵谷寺规模甚大，占地五百亩，其范围南抵孝陵卫，北接明孝陵皇墙，共有寺僧一千多名。寺内的主要建筑有金刚殿、天王殿、无量殿、五方殿、大法堂（清代称毗卢殿）、律堂（清代叫观音殿）、宝公塔等。寺内还有148条画廊，绘有各种神形兼备的佛像、壁画。
    寺前有“放生池”，植荷。因凿放生池时，动用了万名役夫，所以又称“万工池”。寺石为钟楼，左为大宝法王殿，是明成祖为西藏活佛哈立麻所建。哈立麻曾在此建斋讲经，追荐高皇帝，所以又称“说法台”。说法台下有街，街下埋设空坛，人行其上或双手交拍声奏弦，山谷皆应，俗称“琵琶街”。后台有八功德水，以竹为笕引入寺，称之为“竹递泉”。寺后有宝公塔，高五级，是志公藏骨之所。
    清初，灵谷寺遭严重破坏，除无量殿、宝公塔外，其余殿宇尽毁。康乾时期，灵谷寺重新修复，又成为东南名刹。康熙游览灵谷寺时亲笔题书“灵谷禅林”匾额，还写下一幅“天香飘广殿；山气宿空廊”的对联。乾隆六下江南，六到灵谷寺，并赐物、赋诗。可惜清咸丰、同治年间，钟山成了太平军和清军交锋的战场，灵谷寺只留下无量殿，其余全部焚毁。同治六年（1867年），曾国藩在无量殿东侧建造龙神庙