地方官员困扰多年、未能解决的军民械斗。曹谨在闽县所做的贡献还有闽河清淤，闽河大堤维护、巧断拾金案和福建按察使采购瓷器案，修复文山书院和鳌峰书院等，都离不开曹启泰和曹有成的帮助，曹谨离开闽县时，闽县的文山书院正在修复中。道光十六年，台湾南部发生严重旱灾，民不聊生、盗匪四起，更有当地乡绅蔡水腾以及匪首张贡等勾结东瀛倭寇分裂台湾。道光十七年（1837年）春正月时，曹谨临危受命来台担任凤山县知县，聘金门文人林树梅为幕宾，此时正逢干旱，曹谨日走乡曲，问疾苦、诘盗贼、赈饥济贫。他认为“弭盗莫如足食，足食莫如兴水利”。于是，召集以黄朝品和郑兰生等绅耆捐银开圳，又采纳林树梅的建议，召集民众以工代赈，又亲自勘探地形并召巧匠，度地鸠工，挖渠修圳，引下淡水溪（即今高屏溪）之水至凤山县县城区域灌溉。隔年台湾巡道姚莹命台湾知府熊一本巡视，熊一本含泪书写“曹公圳”，并立碑及纂〈曹公圳记〉。除此之外，他还礼聘蔡征藩来台主持凤仪书院（1837年），并于凤山县城增筑城楼炮台、修仓廒，并平定张贡和蔡水腾勾结东瀛倭寇分裂台湾事件（1838年），因政绩卓越，道光二十年（1840年12月14日）下旨准奏升补淡水同知。