秦始皇鞭山镇海至金陵
方山锯平旷之胜，登顶极目四顾，苍苍茫茫，百里景色，尽收眼底。尤当旭日东升，烟波浩渺，群山点点欲飞。
    奇特的自然风光，给方山蒙上了一层神奇的面纱。相传公元前210年，秦始皇南巡至此，为破江东之“王气”，乃凿方山疏淮水，以断其气。南京民间流传这样一个故事：秦始皇筑万里长城时，强迫百姓日夜不停地挑土挑砖，百姓疲惫不堪，死亡的人越来越多。有一天，工地上来了一个老妪，向民工们每人发一根红丝线，叫他缚于扁担上或肩上。民工们依言而行，挑起担来轻若无物。监工的武士得知民工得了“神物”后，立即报告秦始皇。秦始皇听说喜出望外，下令民工交出“神丝”，并把它编成一条“神鞭”。后来秦始皇鞭山镇海至金陵，听方士谈金陵有“王气”，方山就是一颗金印。秦始皇在“凿方山疏秦淮”以泄“王气”的同时，挥鞭向方山抽去，一鞭将方山顶打落在石臼湖中，天印山就变成了方山。而石臼湖中的小山，形似半个圆球，四面环水，称为釜山。
    当然，这仅仅是民间传说。不过，方山是秦淮河东、南二源的汇合点，孙吴时从句容开河道，向东截断山岗，越镇江南境，到今丹阳市境内的云阳西城，与春秋时吴国开的运河相接，称“破岗渎”。由于破岗渎东通吴、会，西达秦淮，太湖流域及钱塘江流域的各种船只，可以由此直抵建康。因此，方山成了建康的南大门和重要水陆码头。当时建康人送客下吴、会，大多送至方山。从建康至此，船行需一天时间，故主客总要在此盘宿一夜，次日才依依惜别。南朝著名诗人谢灵运《邻里相送至方山》诗曰：“祗役出皇邑，相期憩瓯越。解缆及流潮，怀旧不能发。析析就衰林，皎皎明秋月。含情易为盈，遇物难可歇。积疴谢生虑，寡欲罕所阙。资此永幽楼，岂伊年岁别。”诗中反映出诗人被打击排挤出京师的抑郁心情。
    东吴时，孙权为道教大师葛玄修建的洞玄观坐落在山南，附近有葛洪白日飞升处、炼丹井、洗药池、仙人棋等。
    山西麓的宝积庵的太平天国忠王李秀成被执处。1864年7月19日，天京陷落，李秀成在保护幼天王突围时，将自己的追风快马让与幼天王，自己改乘劣马，在方山落了单。人困马乏之际，在宝积庵暂息。因奸人告发，于7月22日被执，8月7日被曾国藩杀害于南京。