清代，夫子庙为江宁、上元两县的县学所在。太平天国时，夫子庙毁于战火，后于同治八年（1869年）重建。
    夫子庙自宋至清，虽然屡经毁建，但明、清明期的夫子庙布局是一致的：以秦淮河为泮池，池北有石栏，栏北为通衢，大道之中立有“天下文枢”坊，坊之东西均设下马牌。下马牌附近有六角形的聚星亭和方形的思乐亭。进棂星门为东、西持敬门，北为大成门（俗称戟门），大成门内设东、西两庑，再北为大成殿。殿东开有小门以通为苑。苑中街西为清江宁教谕、训导二署，计三间五进。署前有东西向的名宦乡贤和土神祠。正殿街北为明德堂（全国其他地区均称明伦堂，唯此处异），题匾为文天祥所书。南为“东南第一学”门坊，因明初这里是国子学所在，故建此坊。明德堂后为尊经阁，内藏国学十三经、廿一史、通鉴纲目、通典、通考、会典、通志等书版。东方尊经书院。尊经阁后有一座小土山，叫卫山，上有敬一亭。山前东西有两个小门，通崇圣祠。南有上元县学师署和忠义孝悌祠。出东持敬门即到儒学大门，其外设泮宫坊，坊左右有明、清状元、榜眼、探花题名和会元、解元题名。泮功坊的背面为武科题名。坊南为大道，街南有大成泉栏和泮池石栏。街东西有“德配天地”和“道贯古今”坊。东坊之南有奎星阁，高三层，上覆蓝瓷筒瓦顶。清咸丰年间，夫子庙毁于兵火，重建时仍按上述模式施工。
    民国时期，夫子庙内外木坊均被拆毁，大成殿、明德堂及各祠、署均被占用。日本侵略军占领南京期间，大成殿、奎星阁、得月台、思乐亭等均被焚毁，但在解放后已修复