明朝期间，玄武湖一直属于禁区

    玄武湖今天的面貌大体上形成于明朝。明太祖营造南京城时，借用玄武湖为天然护城河，致使此湖不再直通长江，仅靠一个大树根水闸与金川河相通。玄武湖南岸城墙的位置，比六朝都城更向北移，直抵当年的十里堤。玄武湖的一角被割入城内，现在北极阁下的西家大塘一带，原来也是玄武湖的一部分。明初，又在太平门外修了一条长堤，叫太平堤，把玄武湖的一部分。明初，又在太平门外修了一条长堤，叫太平堤，把玄武湖水约束在堤西，不再直逼钟山。从此玄武湖大大缩小，面积约为六朝时的三分之一左右。明初，官府在玄武湖的旧洲（今梁洲）建造黄册库，贮藏全国户口赋役的总登记册。这些册子的封面都使用黄色的纸张，所以叫黄册。整个明朝期间，玄武湖一直属于禁区，除因公事经批准外，一般官员都不准随便进入。