秦淮河早在远古时代就是长江的一条支流，也是南京地区第一大河。秦淮河有两个水源头，北源在句容市宝华山南麓，称句容河。南源在溧水县东庐山，称溧水河。南北二源合流于江宁县方山埭西北村。这一带河床宽广，水量剧增，形成干流，可通舟楫。然后河水绕过方山，向西北流经洋桥、青砂嘴，沿途汇集吉山、牛首山诸水，再北经刘家渡、竹山和东山，至上方门进入南京市区。
 
    秦淮河至通济门外九龙桥，又分成内、外两支。其正流称内秦淮，过九龙桥直向西，自东水关入城，穿市区南部，会合杨吴城濠之水，西流至淮青桥，与青溪会合；再向西南流直得涉桥，爱小运河水；再经文德桥、武定桥、镇淮桥迤西而北，过新桥至上浮桥，又西北至陡门桥，与运渎水会合；又西北过下浮桥，出西水关，与外秦淮复合。外秦淮河过九龙桥向南迤西，经长干桥，合落马涧水，又西至赛虹桥，再分为两支，正支北折，经觅渡桥与内秦淮合流，北沿石头城至三汊河入长江；旁支西流，自赛虹桥过江东桥，流经北河口入江。秦淮河全长 100 多公里，整个流域 2600 余平方公里，主要支流有 16 条，流经句容、溧水、江宁、南京等地，灌溉面积达 130 万亩左右。远在石器时代，秦淮河流域就有人类流动。沿河已发现原始村落遗址 50 － 60 个，著名的有湖熟文化遗址和窨子山遗址等。六朝时河身宽阔，是石头城的天然屏障。自石头城东至运渎（今通济门附近），设有 24 座浮航，平时浮航通行，战时断舟撤航。