明清时代，秦淮河畔人烟稠密，金粉楼台，十分繁华。秦淮河畔的夫子庙、贡院是封建统治者笼络和挑选人才的地方。明代吴敬梓的小说《儒林外史》中，对此有深刻的揭露。清代戏曲家孔尚任的《桃花扇》以秦淮河为背景，歌颂了歌妓李香君的高尚情操，揭露了统治阶级内部的矛盾和腐败，描写了国破家亡的悲剧。
 
    新中国成立以后，人民政府对秦淮河大力疏浚。在 1976 年到 1980 年间，又开了一条秦淮新河，这是秦淮河的一次大改变。新河自江宁县小圩，经雨花区铁心桥、西善桥，直至双闸金胜村，全长 18 公里，河宽 130 － 200 米不等，可行洪 800 秒立米。新河上架公路桥五座，农便桥四座，铁路桥一座，水利枢纽一套，大大提高了秦淮河泄洪抗旱能力，对促进农业生产、保障城市建设发挥了巨大作用