秦淮河古河道存在于两万年前后至6000年前之间，在地质学上
属晚更新世—全新世早期的产物。古秦淮河入江口原本在狮子山下
，这条河道之所以改变流向，其原因是由于地壳运动导致地面升高
，使得南京市区鸡笼山至覆舟山之间一条宽达400多米的隘谷随之向
上隆起，形成门槛，古河道水流因此受阻。加上冰期以后海平面上
升，顶托了长江的水流，从而阻滞了古河道的水势。而钟山之北、
岔路口之西、迈皋桥之南范围内的泥沙和附带物导致下游河道淤塞
，迫使秦淮河在市区之南即改变流向，不再由南向北穿越整个市区
，而在半途中“杀”出一条“捷径”，自东向西由水西门方向入江
。
    1960年在玄武湖进行浅层天然气钻探时发现，在粉细砂层中有
较多的绿帘石、方解石、角闪石之类的不稳定矿物，与钟山北坡曹
姑山、蒋王庙一带常见的矿物相同，这表明物质的流动不远，沉积
速度很快。加之钟山余脉仍在不断上升，1974年至1976年约在10毫
米，这必然影响到九华山和鸡笼山地势的变迁，而这也是促使秦淮
河改变流向及入江口的重要因素，同时也说明秦淮河选择由水西门
入江的时间较晚。当年长江在石头城下通过，唐刘禹锡有《石头城
》诗云：“山围故国周遭在，潮打空城寂寞回。”宋朝的张舜民也
有记：“石头城天生城壁，有如城然。江行自北来者，循石头城转
入秦淮。”如今，由于流水侵蚀和沉积作用的变化，长江主流带不
断向北岸移动，秦淮河的入江口已改到西北方向的三汊河一带了。
兴修水利
    秦淮河对南京的重要性，除了具有重要的军事意义外，还极大
地影响到南京地区农业、商业和交通运输业的发展。因此，历代建
都南京的王朝均十分注意秦淮河的水利工程，不断对秦淮河进行疏
浚、拓宽及整治。